Le pontage gastrique de Roux-en-Y est généralement réalisé par laparoscopie. Une petite partie de l'estomac proximal est détachée du reste, créant une poche gastrique de <30 ml. De plus, les aliments contournent une partie de l'estomac et de l'intestin grêle, où ils sont normalement absorbés, réduisant ainsi la quantité absorbée ainsi que les calories. La poche est reliée au jéjunum proximal : l'ouverture entre elles est étroite, limitant le taux de remplissage gastrique. Le segment de l'intestin grêle relié à l'estomac ponté est relié à l'intestin grêle distal. Cette disposition permet aux acides biliaires et aux enzymes pancréatiques de se mélanger au contenu gastro-intestinal, limitant la malabsorption et les carences nutritionnelles.
